Uniprot数据库简介
简介
Protein sequence and functional information
包括: - UniProt Knowledgebase(UniProtKB) - UniRef - UniParc
UniProtKB
包括Swiss-Prot(人工标记过,更准确;非冗杂,即一个蛋白只有一条记录)和TrEMBL(计算生成)
UniRef
根据序列相似度合并的数据集,分别有100,90,50三类,包含了鸡、牛、果蝇等物种。
检索
Function
介绍蛋白质基本功能
Feature
介绍一些结合位点
Disease and Variants
介绍变异已经对应产生的疾病
PTM/Processing
蛋白质翻译后的修饰
Structure
可以看3D结构,包括PDB和Alphafold
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1 | >sp|Q6L5H6|P2C50_ORYSJ Protein phosphatase 2C 50 OS=Oryza sativa subsp. japonica OX=39947 GN=PP2C50 PE=1 SV=1 |
sp|ID 号|Uniprot名称|蛋白质本身名称 OS=物种 OX=物种分类数据库的ID GN=基因名称 PE评分等级,越小越可靠
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